世界闻名的沃森顿公司终于研制出了治疗“变种基因”的药物，变种人终于第一次有了自主选择命运的权利：或是放弃超能力，成为真正的人类；或是拒绝接受“治疗”，保持独特的变种能力，继续隔绝成为异类。然而，选择与否已经不再自由，在军方科学家的离间之下，人类对变种人的害怕与憎恨超乎想象，“和平至上”的X教授和身怀绝技的X特警们也在丧失能力的威胁下无法抉择。X战警3

　　而一心企图令变种人称霸世界的万磁王，则觉得这退无可退的境地是最好的机会，摆脱囚禁后变得格外强大、狡猾的他，吸收了庞大的新鲜力量，召集成威力无比的变种军队，准备毁灭沃森顿公司，进而让人类称臣。史无前例的人种之战一触即发！

　　X战警们不可避免地陷入了这场矛盾对抗，然而，他们将面对的却不仅仅是害怕和憎恨他们的人类、自己内心的挣扎和万磁王的诱惑，还有死而复生的琴格雷--他们具有心电感应、隔空取物和瞬间移动等非攻击型能力的X战警同伴。死里逃生之后性格开始狂乱分裂的“黑凤凰”，彻底成为了黑暗皇后，被万磁王招自麾下的她，将会毁灭所有阻挡她去路的事物。面对人类、变种人甚至是世界的毁灭，X战警们无路可退……